El Gobierno de la FEMECOG residirá en el Consejo Directivo el cual será designado por la Asamblea de Delegados. El Consejo Directivo está constituido por: un Presidente, un Vicepresidente, dos Secretarios Propietarios, dos Secretarios Suplentes, un Tesorero y un Subtesorero, y son auxiliados por un Director Regional nombrado por cada una de las Regiones pertenecientes a la FEMECOG.
El Consejo de Ginecología y Obstetricia, le brinda una nueva modalidad para obtener puntaje para la Vigencia de Certificación a través de la lectura de artículos de la Revista de Ginecología y Obstetricia.
